имеет ли право муниципальное предприятие лишить рабочего на 100% премии за невыполнение плана, менее чем на 50%??

Да. Предваряя следующий вопрос: лишение премии (части премии) является не дисциплинарным взысканием (как замечание и выговор), а отказом от награждения работника.