Статья 119 НК РФ часть 1 о чем она говорит?

Если Вы являетесь плательщиком УСН, то 5% будут браться от годового показателя суммы налога или от суммы за минусом авансовых платежей.

Ответ: Вначале направить "нулевую" декларацию, затем - оплатить налог, подлежащий уплате (доплате) + пеня и только затем, спустя 2-3 дня (чтобы оплата прошла через банк), направить "уточненку".
Вот тогда появляется шанс обойтись минимальными потерями! Штраф рассчитывается от суммы налога, подлежащей уплате (доплате) на основе ЭТОЙ декларации. То есть 5 % берутся от суммы за минусом авансовых платежей.
На будущее - направить "нулевую" декларацию (штраф за это - от 100 рублей, так как в законе написано "не менее", пережить можно), потом направить уточненную.
Если ФНС будет выпипиживаться, быть готовой драться с ними в арб. суде.
Попутно - на этот случай следует познакомиться поближе с почтовыми работниками, желательно в своем почтовом отделении и на Главпочтамте.